Nước thải sau khi vận chuyển từ các chủ nguồn thải về được lưu giữ riêng, lấy mẫu phân tích sơ bộ và xử lý trong quy mô Phòng thí nghiệm. Kết quả thí nghiệm được áp dụng để xử lý ở quy mô công nghiệp. Công ty lựa chọn hệ thống xử lý nước thải không liên tục (xử lý theo mẻ) vì tính chất, thành phần các loại nước thải công ty thu gom về rất khác nhau, lưu lượng cũng không ổn định do phụ thuộc vào tình hình sản xuất của chủ nguồn thải

Đối với nước thải lẫn dầu, mỡ được đưa qua xử lý sơ bộ tại hệ thống bể tuyển nổi. Thiết bị tuyển nổi có tác dụng chính là loại bỏ dầu mỡ, chất rắn lơ lửng không có khả năng lắng trong nước thải nhằm nâng cao hiệu quả xử lý của quá trình tiếp theo. Vì vậy chỉ một số loại nước thải lẫn dầu mới đưa qua hệ thống tuyển nổi tách dầu trước khi xử lý hóa học. Các loại nước thải khác (nước thải axit, nước thải kiềm, dung dịch thải mạ…) không cần qua thiết bị này.
Nước thải sau khi lắng sơ cấp để loại bỏ bùn cặn được bổ xung hóa chất keo tụ và dưới tác dụng nâng của những bọt khí dầu, các chất lơ lửng không có khả năng lắng trong nước thải sẽ nổi lên và được thu gom, đốt trong lò đốt CTNH. Nước thải sau khi xử lý qua hệ thống tuyển nổi được bơm chuyển lên các Xyclo phản ứng